Master de pathologie humaine
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Terrains de stage

Il est possible de faire son stage dans n’importe quelle unité de recherche en lien avec la microbiologie, les maladies infectieuses et le microbiote condition que le laboratoire soit labellisé et l’encadrant responsable soit titulaire d’une habilitation à diriger les recherches.

Les étudiants doivent prendre contact avec les différents responsables des terrains de stage afin de définir les sujets.

Les stages chez des industriels ou à l’étranger sont possibles après autorisation du responsable de l’enseignement. Afin de vous aider, la liste non exhaustive ci-dessous présente un certain nombre d’unités de recherche susceptible de vous accueillir.

MARSEILLE

1-IHU Méditerranée Infection- Aix Marseille Université, MEPHI (M. DRANCOURT) – 19-21, bd Jean Moulin 13005 Marseille. Tél : 04 13 73 24 01

Responsable stage : M. DRANCOURT
Courriel :michel.drancourt@univ-amu.fr
Thème : Bactériologie et génomique bactérienne, archaea, mycobactéries et pathogènes anciens

Responsable de stage : G. ABOUDHARAM
Courriel :gerard.aboudharam@gmail.com
Thème : Bactériologie, paléomicrobiologie

Responsable de stage : E. CHABRIERE
Courriel : eric.chabriere@univ-amu.fr
Thème : Protéomique

Responsable stage : D. RAOULT
Courriel : didier.raoult@gmail.com
Thème : Microbiote et culturomique

Responsable de stage : O. MEDIANNIKOV
Courriel : olegusss1@gmail.com
Thème : Bactériologie des maladies infectieuses émergentes et tropicales, microbiote des vecteurs, interface entre homme et réservoirs de zoonoses (singes, animaux domestiques etc.)

Responsable de stage : J.C LAGIER
Courriel : jean-christophe.lagier@univ-amu.fr
Thème : Etude du microbiote humain

Responsable de stage : B. LA SCOLA
Courriel :bernard.la-scola@univ-amu.fr
Thème : Enterocolite nécrosante du nouveaux né, virus géants associés aux amibes et isolement de microorganismes intracellulaires à haut débit

Responsable stage : C. DESNUES
Courriel :christelle.desnues@univ-amu.fr
Thème : Etude des virus associés à l’homme dans un contexte pathologique et non-pathologique par les nouvelles techniques de séquençage haut-débit
Mots clefs : métagénomique virale, écologie, virome humain, pathologie infectieuse, bioinformatique

Responsable de stage : P. COLSON
Courriel : philippe.colson@univ-amu.fr
Thème : génomique des virus géants, VIH et hépatites

Responsable de stage : V. MOAL
Courriel : valerie.moal@ap-hm.fr
Thème : infections de l’immunodéprimé, infections urinaires

Responsable stage : A. LEVASSEUR
Courriel :anthony.levasseur@univ-amu.fr
Thème : Dynamique des génomes et adaptation microbienne
Mots clefs : Evolution, (phylo)génomique microbienne, pathogénicité, microbiologie, bioinformatique, virus géants, maladies infectieuses

Responsable de stage : P. PONTAROTTI
Courriel : pierre.pontarotti@univ-amu.fr
Thème : Rôles des transposons dans les changements phénotypiques et les pathologies humaines. Les transposons sont de structures génétiques capables de "sauter" entre les génomes d’espèces différentes. Ils peuvent par exemple servir de véhicules aux gènes de résistances aux antibiotiques. Les transposons ont aussi la capacité d’être cooptés fonctionnellement par leurs hôtes, l’exemple phare étant celui de la RAG impliquées dans la diversification des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T. Les étudiants sélectionnés travailleront sur les différents aspects de la biologie des transposons. Les approches sont bio informatiques et expérimentales

Responsable de stage : L. ABI-RACHED
Courriel : laurent.abi-rached@univ-amu.fr

Responsable de stage : H. LEPIDI
Courriel : hubert.lepidi@univ-amu.fr
Thème : endocardite infectieuses, lymphomes d’origine infectieuse

Responsable de stage : JM ROLAIN
Courriel :jean-marc.rolain@univ-amu.fr
Thème : Résistance aux agents antimicrobiens – Thérapeutiques innovantes

Responsable de stage : P. BROUQUI
Courriel :philippe.brouqui@univ-amu.fr
Thème : Hygiène, contagion, infection hospitalière, technologie

Responsable de stage : J-L MEGE
Courriel :jean-louis.mege@univ-amu.fr
Thème : Immunologie des infections à bactéries intracellulaire : modèles animaux et étude clinique, infection et genre

Responsable de stage : B. DESNUES
Courriel : benoit.desnues@univ-amu.fr
Thème : Facteurs de virulence bactériens, étude protéome/transcriptome

Responsable de stage : F. BRETELLE
Courriel : florence.bretelle@ ap-hm.fr
Thème : Grossesse et infection, étude immunopathologique

2. IHU Méditerranée Infection- Aix Marseille Université, VITROME (M.PAROLA) – 19-21, bd Jean Moulin 13005 Marseille. Tél : 04 13 73 24 01

Responsable de stage : P. PAROLA
Courriel : philippe.parola@univ-amu.fr
Thème : Entomologie Médicale - Maladies infectieuses vectorisés, études des vecteurs

Responsable de stage : F. FENOLLAR
Courriel : florence.fenollar@univ-amu.fr
Thème : Maladies infectieuses émergentes, maladies infectieuses tropicales, vaginose bactériennes, études de microbiote, bactériologie.

Responsable de stage : P.E. Edouard FOURNIER
Courriel :pierre-edouard.fournier@univ-amu.fr
Thème : étude génomique et pangénomique des procaryotes

Responsable de stage : P. GAUTRET
Courriel :philippe.gautret@ap-hm.fr ou philippe.gautret@club-internet.fr
Thème : Epidémiologie des maladies infectieuses associées à la mobilité internationale
Mots clefs : surveillance syndromique, surveillance microbiologique, perception des risques, émergences, infections, voyageurs, migrants, grands rassemblements.

Responsable de stage : S. RANQUE et C. CASSAGNE
Courriel : stephane.ranque@univ-amu.fr et carole.cassagne@ap-hm.fr
Thème : Mycologie ; relation entre les champignons filamenteux et les bactéries

Responsable de stage : A. DUMETRE
Courriel : aurelien.dumetre@univ-amu.fr
Thème : Biologie des toxoplasmes dans l’environnement

Responsable de stage : M. CASANOVA
Courriel : magali.casanova@ ap-hm.fr
Thème : Mort cellulaire régulée chez Leishmania

3-Membranes et cibles thérapeutiques (J.M.BOLLA)- Faculté de Médecine –27 bd Jean Moulin 13385 Marseille cedex 5 Tél : 04 91 32 45 87, Fax : 04 91 32 46 06

Responsable de stage : J-M BOLLA
Courriel :jean-michel.bolla@univ-amu.fr
Thème 1 : Transporteurs d’antibiotiques par les bactéries et mécanismes de résistance.
Thème 2 : Inhibiteurs du transport des antibiotiques par les bactéries.

4- Equipe d’accueil : NORT- UMR 1260-1062, 27, boulevard Jean Moulin, 13005 Marseille

Responsable de stage : B. RITEAU
Courriel :beatrice.riteau@univ-amu.fr
Thème : Rôle de l’hémostase dans l’inflammation pulmonaire induite par les virus influenza
Résumé du projet :
La grippe est une maladie infectieuse et contagieuse, due aux virus influenza, causant des pertes humaines et économiques importantes. Très souvent banalisée, la grippe constitue pourtant un problème majeur de santé publique à l’échelle planétaire. Les infections humaines récurrentes par le virus influenza aviaire de sous-type H5N1 mettent en évidence la menace permanente causée par ces virus. Une meilleure compréhension des interactions entre le virus influenza et son hôte nous permettra de mieux appréhender la physiopathologie de l’infection grippale et donc à terme de mieux protéger la population.
Lors d’une grippe sévère, une réaction inflammatoire disproportionnée de l’hôte est observée. Cette réaction excessive induit des dommages pulmonaires et une forte diminution de la capacité respiratoire des patients pouvant aller jusqu’au décès, dans les cas les plus graves.
L’hémostase (ie : hemostase primaire, coagulation et fibrinolyse) et l’inflammation sont des processus intimement liés. Récemment nous avons démontré l’importance de l’activation plaquettaire et de la fibrinolyse dans l’inflammation excessive induite par les virus de la grippe. En accord, il a été récemment démontré que les cellules endothéliales orchestrent l’orage de cytoquines, observé lors d’une infection grippale.
Le but de ce projet de stage est de mieux comprendre les relations entre l’hémostase et l’inflammation dans la pathogénicité des virus influenza. Dans ce projet, nous étudierons plus précisément le rôle des plaquettes et de la thrombine dans la pathogénicité des virus de la grippe. De manière intéressante, nous testerons le rôle protecteur de molécules déjà autorisées sur le marché, contre des souches de grippes hautement pathogènes et H1N1 pandémiques.
Ce projet permettra de mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent la dérégulation de l’inflammation lors d’une infection grippale et nous permettra de proposer de nouvelles stratégies thérapeutiques contre la grippe.

5 – Institut de recherche biomédicale des armées, Unité Parasitologie et entomologie, Centre national de référence du paludisme, VITROME, IHU Méditerranée Infection, 19-21 Bd Jean Moulin, 13005 Marseille.
Tél : 04 13 73 22 31

Responsable de stage : B. PRADINES
Courriel : bruno.pradines@gmail.com
Thème : Sensibilité de P. falciparum aux antipaludiques, identification de nouveaux marqueurs moléculaires de résistance aux antipaludiques, identification des modes d’action et des mécanismes de résistance à différents antipaludiques, développement de nouveaux antipaludiques

Responsable de stage : S. BRIOLANT
Courriel : sbriolant@wanadoo.fr
Thème : Surveillance entomologique outremer (identifications des vecteurs et résistance aux insecticides), développement de nouveaux outils de capture de vecteurs, analyse capacité vectorielle

Responsable de stage : L ALMERAS
Courriel : almeras.lionel@gmail.com
Thème : Développement de nouveaux outils d’identification des vecteurs, mesure de l’exposition aux vecteurs et aux pathogènes (analyse de protéines salivaires de moustiques et de parasites, immunosérologie), développement d’outils innovants en spectrométrie de masse

6 – Unité des Virus Emergents (UVE : Aix Marseille Univ, IRD 190, INSERM 1207, IHU Méditerranée Infection), (Directeur Professeur de Lamballerie), Marseille, France.
Faculté de Médecine – 27 bd Jean Moulin 13385 Marseille cedex 5 Tél : 04 91 32 44 20, Fax : 04 91 32 44 21

Responsable de stage : X. DE LAMBALLERIE
Courriel :xavier.de-lamballerie@univ-amu.fr
Thèmes : Epidémiologie moléculaire des viroses, thérapeutique antivirale, génomique

Responsable de stage : R. CHARREL (pas pour la période 2018-2019)
Courriel : remi.charrel@univ-amu.fr
Thème : Virus discovery : arbovirus avec intérêt particulier pour les virus transmis par les phlébotomes et les tiques. Approche intégrée du terrain au malade (séroprévalence, génétique virale, phylogénie, diagnostic).
Mots clés : phlebovirus, phlebotomes, tiques, arbovirus,

Responsable de stage : C. PEYREFITTE (Centre national de Référence des Arbovirus)
Courriel : christophe.peyrefitte@irba.fr
Thème : Virologie tropicale diagnostique /
Mots clés : dengue, chikungunya, Zika, arbovirus

Responsable de stage : A. NOUGAIREDE
Courriel : antoine.nougairede@univ-amu.fr
Thème : Nouvelles thérapeutiques antivirales (antiviraux et vaccins), méthodes de génétique inverse, évolution
Mots clés : arbovirus, chikungunya virus, dengue virus, zika virus, entérovirus.

7 – Centre Immunologie de Marseille et de Luminy 163 av. de Luminy – case 901 – 13288 Marseille cedex 09 Tél : 04 91 26 93 15, Fax : 04 91 26 94 30

Responsable de stage : Jean-Pierre GORVEL
Courriel : gorvel@ciml.univ-mrs.fr
Thèmes : Interaction hôte pathogènes : brucella, salmonella

8- Laboratoire d’Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR 7257-AFMB (Y. BOURNE).
Equipe Réplicases virales : mécanismes, structure & drug-design.
Campus de Luminy - Polytech/ESIL - Case 925 - 163, Avenue de Luminy - 13009 Marseille. Tél : 04 91 82 86 28

Responsable de stage : B. CANARD - HDR
Courriel : bruno.canard@afmb.univ-mrs.fr
Thème : Comprendre les mécanismes moléculaires de la réplication des virus émergents par la caractérisation des activités enzymatiques et l’analyses structurale des protéines formant le complexe de réplication/transcription. Développer de nouvelles stratégies antivirales.
Mots-clés : (+)RNA virus (Coronavirus SARS-CoV, MERS-CoV, Flavivirus Dengue, Zika, West-Nile, etc…) : Replication, RNA Polymerase, Methyltransferase, fidélité, RNA repair, genome evolution, Macro domain, drug-design.

Responsable de stage : E. DECROLY - HDR
Courriel : etienne.decroly@afmb.univ-mrs.fr
Thème : Comprendre les mécanismes moléculaires de la réplication des virus émergents par la caractérisation des activités enzymatiques et l’analyses structurale des protéines formant le complexe de réplication/transcription. Développer de nouvelles stratégies antivirales.
Mots-clés : (+)RNA virus (Coronavirus, Flavivirus Dengue, Zika, West-Nile, etc..Alphavirus VEEV, Chik,) (-)RNA virus (Ebola, hMPV, RSV, Rage, etc…) : RNA capping, guanylyltransferase, ISG, IFIT, MDA5, RIG-I, drug-design, new vaccine strategies.

Responsable de stage : F. FERRON - HDR
Courriel :francois.ferron@afmb.univ-mrs.fr
Thème : Analyse structurale et fonctionnelle des protéines formant le complexe de réplication/transcription des Mamarenavirus. Mots-clés : Nucléase, nucleoprotéine, protéine L, Polymérase , (-) RNAvirus.

MONTPELLIER

1 – IFR 122 : IRIM (J.M. Mesnard), CRBM (A. Debant)et IGMM ( M. Piechaczyk) UMR1133 « Ecologie microbienne des insectes et interactions hôte-pathogène »

UMR1231 (Directeur Noël Boemare) :
« Biologie intégrative et virologie des insectes » et "Génomique fonctionnelle et facteurs de virulence"

UMR5124 (Directeur Georges Lutfalla) :
« Défenses antivirales et antitumorales »

  • UMR 9926 : Génétique et évolution des maladies infectieuses » (VIH, Dengue, Chikungunya, Parasites)

URO35 (G. Cuny) :
Trypanosomoses africaines

URO16 unité MIVEGEC ( F. Simard)
Caractérisation et contrôle des populations de vecteurs

CNRS UPR1142 IGH (Directeur : M. Benkirane)

  • Equipe M. Benkirane : Régulation transcriptionnelle du promoteur du VIH
  • Equipe Pierre Corbeau : Virologie moléculaire et transfert de gènes

2 – UMR 145 « VIH et Maladies associées », IRD (E DELAPORTE) – 911 avenue Agropolis – BP 64501 – 34394 Montpellier cedex 5 Tél : 04 67 41 61 56, Fax : 04 67 41 67 46

Responsable de stage : E DELAPORTE
Courriel : eric.delaporte@mpl.ird.fr
Thème : Polymorphisme des rétrovirus HIV/SIV et ses conséquences pour la santé humaine

3 - INSERM U1047, UFR de Médecine Université de Montpellier, 186 Chemin du Carreau de Lanes, CS 83021, 30908 Nîmes Cedex 02, France
Tél. +33 4 66028159
Fax +33 4 66028148

Responsable de stage : JP LAVIGNE
Courriel : jean.philippe.LAVIGNE@chu-nimes.fr
Thème : Infections bactériennes chroniques : Physiopathologie, Diagnostic, traitement

GRENOBLE

1 - Service de Bactériologie-Hygiène Hospitalière, CHU Grenoble Alpes,
38043 GRENOBLE CEDEX 9, TIMC-IMAG, CNRS UMR5525, Univ. Grenoble Alpes.
Tél : 04 76 76 54 79, Fax : 04 76 76 52 28

Responsable de stage : M. MAURIN
Courriel : mmaurin@univ-grenoble-alpes.fr
Thème : zoonoses et résistances aux antibiotiques